Hauptbestandteil der Zahnmedizinischen Prophylaxe ist die professionelle Zahnreinigung. Meist ist diese eine Individualprophylaxe und es wird eine umfassende mechanische Reinigung der Zähne vorgenommen. Defizite der täglichen Mundhygiene werden beseitigt und die Zähne werden am Schluss fluoridiert. Der Mund bildet automatisch nach nur einem Tag einen Belag auf den Zähnen. Dieser Plaque wird häufig auch Biofilm genannt, denn er besteht aus Milliarden von Bakterien. Diese Bakterien entwickeln einen Stoffwechsel und es werden Säuren ausgeschieden. Diese aggressive Substanz ist verantwortlich für Zahnschäden und Zahnfleischentzündungen. In sehr schlimmen Fällen kann es auch zu einer Parodontitis, also einem Knochenabbau kommen. Den meisten Patienten gelingt es mit einfacher Mundhygiene nicht, alle Bakterien abzutöten. Die Zahnzwischenräume und kleine Nischen werden häufig nicht erreicht und somit bleiben die Bakterien erhalten. Vor allem bei älteren Patienten ist die gründliche Mundhygiene sehr wichtig, da das Zahnfleisch sonst sehr schnell zurückgehen kann. Die Vorsorge durch eine professionelle Zahnreinigung wird von Zahnärzten und Ärztinnen empfohlen. Die Zahnreinigung sollte alle sechs bis zwölf Monate durchgeführt werden. Bei Patienten mit einem sehr Kariesaktivem Gebiss, oder einer parodontalen Vorschädigung ist eine professionelle Zahnreinigung sogar alle drei bis sechs Monate zu empfehlen. Nach einer Parodontitisbehandlung ist eine PZR notwendig, um das Behandlungsergebnis zu bewahren. Die Zahnreinigung kann nur von fortgebildeten Fachkräften und Zahnmedizinischen Prophylaxe-Assistenten durchgeführt werden. Während der Reinigung werden alle Zahnbeläge entfernt. Weiche und mineralisierte Beläge werden bis unter das Zahnfleisch gereinigt so, dass keine neue Karies mehr entstehen kann. Die Zahnbeläge dürfen nur entfernt werden, wenn sie klinisch sichtbar und erreichbar sind. Wenn die Assistentin jedoch auf eine versteckte Stelle stößt, muss diese vom Zahnarzt selbst behandelt werden. Die Zahnreinigung wird mit Hilfe von Handinstrumenten durchgeführt. Schleifpapierstreifen, Zahnseide, Bürstchen und Ultraschallgeräte zählen hier hinzu. Eventuelle Verfärbungen und Ablagerungen werden anschließend entfernt und mit einem Sandstrahlen werden Beläge aus den Zwischenräumen entfernt. Die Zähne werden anschließend mit einer rotierenden Bürste poliert so, dass keine scharfen Kanten bleiben. Die Zahnoberfläche ist geglättet und das Ansetzen von neuen Belägen wird somit zusätzlich erschwert.